İslamlık ile savaşmayı bir nevi kutsal görev sayan ve hükümdarlığı dönemi, Bizans'ın askeri bakımdan en parlak devri sayılan Bizans imparatoru Nikephorus Phokas (963-949), 966 yılında Antakya surları önüne geldi, fakat bir şey yapamadan geri çekildi. 968 yılında ikinci kez Antakya üzerine yürüyen imparator, kenti kuşattı. Güçlü bir savunma karşısında kuşatmanın uzaması üzerine kendisi İstanbul'a döndü. Harekatı devam ettiren ordu kumandanları Petros Phocas ve Mikhail Burtzes, 28 Ekim 968'de Antakya'yı ele geçirdiler. Haleb'in de düşmesi ile üç asırdan fazla bir süredir müslüman hakimiyetinde kalan ve doğudaki patriklik merkezlerinin en önemlilerinden biri olan Antakya tekrar Bizans hakimiyetine girdi. kentin işgali sırasında geniş ölçüde kan döküldü. Esir alınan 20.000 kadar genç erkek ve kadın Bizans'a gönderildi.
1084 yılına kadar bir asırdan fazla süre devam edecek bu dönemdi Antakya, tekrar eski günlere döndürülme özlemi ve gayreti içinde büyük ilgi gördü. Aralarında bir ok atımı mesafe bulunan 400 kulenin yer aldığı muhteşem surlar, tamir ve takviye edildi. Kentin Halep çıkışındaki St. Paul kapısı ile Lazkiye yolu üzerinde Daphne çıkışındaki St. George kapısı ve Asi'yi geçen köprü ile bu yol üzerindeki St. Simeon kapısı onarıldı.


Antakya Kalesi Tam ekran resim için Tıkayınız...

Hıristiyan tacirlere, özellikle Venedikliler'e tanınan imtiyazlar sayesinde de ticari hayat eskiye oranla biraz canlandı. 971 yılında, Halife Muiz-Lidinillah döneminde 100.000 kişilik bir ordu ile Antakya'yı kuşatan Fatımiler'in kenti ele geçirme teşebbüsleri başarısızlıkla sonuçlanmıştır.
İmparator Basileios II döneminde 994 yılında tekrar Suriye'ye giren Fatımiler, Bizans ordusunu Asi kenarındaki bozguna uğrayarak Antakya'yı bir kez daha tehdit etmişlerdir.

Bizans'ın üç muzaffer imparatoru: Nikephoros Phokas (963-969), Ionnes Çimiskes (969-976) ve Basileios II (976-1025) zamanlarında yapılan fetihler ile arazisi genişleyen imparatorluk içinde Antakya Thema'lığı sınır bölgesinde bulunan nedeni ile önem kazandı ve Dux'luk ünvanını aldı. 997 yılında Dukas Domasticus ile Arablar arasında Bizans Ordusunun mağlubiyeti ve Domasticus'un ölümüyle sonuçlanan savaştan sonra Antakya'yı zapteden Araplar kenti yağma ederek ahalisini öldürdüler ve civardaki köyleri yakarak çekildiler. 8 Mart 1058 tarihindeki şiddetli deprem bütün kenti sarstı. St. Peter Kilisesi ile berber şehirdeki diğer büyük yapılar hasar görürken 10.000 kadar insan öldü.