Yapılan arkeolojik kazılar kuzey Suriye'de İÖ 4.binde ve 3. bin başlangıcında birbirine bitişik kültür çevrelerinin oluştuğunu ve İÖ 3. bin dolaylarında bu bölgede küçük kentler (kent devletleri) halinde bir yerleşmenin başladığını göstermektedir.
Amik Ovası'nın doğusunda Antakya-Halep yolu yakınında bulunan Tell-Tayinat ve özellikle Tell-Açana'da (Alalah), 1934 yılından bu yana yapılan kazılarda ortaya çıkarılmış olan avlulu, dikdörtgen planlı ve çok odalı evler ile tapınaklar, ön avlulu saraylar ve savunma yapıları, İÖ XVIII-XII. yüzyıllar arasında inşa edilmiş binalardır. Ayrıca Tell-Açana yerleşme höyüğündeki kazılarda ele geçirilen parçalar, buranın Kalkolitik Çağdan beri (İÖ 5000-4000) bir yerleşim bölgesi olduğunu göstermektedir.

Buluntulardın ortaya çıkardığı bir diğer sonuç da, İÖ 3. binde, Anadolu'dan Amik Ovası kanalıyla Filistin'e doğru bazı kavimlerin hareket ederek, Mısır'a kadar uzanan, güney-kuzey doğrultusunda bir ticaret aksını meydana getirmiş olduklarıdır.

Filistin ve Suriye sahillerini takriben güney Anadolu'ya gelen yollar ile bu yöne dik olan ve Mezopotamya'dan gelerek Akdeniz'e ulaşan yollar, bu bölgeden geçmek zorunda idi. Grekler, Makedonlar'ın bölgeyi istilasına kadar aynı ticaret yollarını kullanmışlardır. Ticari trafiğin zaman içinde giderek gelişmesi, bölgenin askeri yönden kontrol altında bulundurulması zorunluluğunu her dönemde gündemde tutmuştur.
İÖ. XVII. yüzyılın sonlarına kadar Mısır hakimiyetinde kalan bölge, bu tarihten itibaren Hurriler ve Hititler tarafından istila edilmiştir. Hitit İmparatorluğu'nun İÖ 1200 yıllarında parçalanmasından sonra güneyde kurulan Sam'al Prensliği'nin iki yüzyıl kadar bağımsızlığını koruması ve İÖ 700 tarihinde Asur egemenliğini kabul etmesi ile bölge Asur yönetimine geçmiştir.
Daha sonra Babil egemenliğine giren bölgede, büyük ünvanı ile bilinen Pers Hükümdarı II. Kuras'ın İÖ 539'da Babil İmparatorluğu'na son vererek Mezopotamya ve Suriye'yi alması ile başlayan Pers hakimiyeti, bir satraplık halinde Makedon istilasına kadar devam etmiştir. Büyük İskender ile başlayan Makedon istilasından önce Grek tacirler tarafından Antakya'nın bulunduğu yerin bir durak noktası olarak kullanılmış olması ihtimal dahilindedir. Antik Çağdaki adı Orontes olan Asi Nehri'nin o çağlarda küçük gemiler için seyrüsefere uygun olması ve Antakya'nın nehir yolu ile Akdeniz'e bir günlük mesafede oluşu bu ihtimali kuvvetlendiren faktörlerdir.

Antakya kurulmadan önce civarda kent olarak varolan Grek yerleşmeleri hakkında, Malalas ve Libanius'un naklettikleri menkibeler içinde üç isim geçer. Birincisi Silpius'da (Bugünkü Habib Neccar Dağı) Iopolis, diğeri Antakya'nın yakınındaki Daphne (bugünkü Harbiye) civarında Herakleia ve Silpius'un tepesinde Kasiotis