Hatay Antakya kenti, çok eski antik tarihi , coğrafi özelliği, doğal güzelliği ve kültürel önemi dolayısıyla insanlık tarihinin ilk dönemlerinden bu yana kesintisiz olarak, çeşitli medeniyetlere ev sahipliği yapmıştır. Günümüzde; geçmişten devraldığı kültürel birikiminin zenginliğiyle, medeniyetler uzlaşmasının yaşayan örneği olan bu toprakların insanları, geçmişte olduğu gibi, Türkiye ve Dünya’nın önde gelen şehirlerinden biri olma vizyonu doğrultusunda enerji ve heyecanla çalışmaktadır.
Hatay’da arkeolojik kazı çalışmaları 1930 lu yıllarda başlamıştır. 1933-1938 yılları arasında Amik Ovası’nda bulunan bir çok höyüklerde ; Cüdeyde, Dehep, Çatalhöyük ve Tayinat’ta, Chicago Üniversitesi, Chicago Oriental Institute tarafından kazı çalışmaları yapılmıştır. 1936 yılında, British Museum adına Sir Leonard Wolley ; Samandağ, El-Mina bölgesinde, 1937’den 1948 senesine kadar da aralıklarla, Atçana Höyüğü’nde kapsamlı ve derin kazı çalışmaları yapmıştır.
1932-1939 yıllarında Princeton Üniversitesi’nin yaptığı araştırma ve kazılarla müzenin esas zenginliğini oluşturan mozaikler ortaya çıkartılmıştır. Bu zenginlikler, merkezi Antakya’da olmak üzere Harbiye, Narlıca, Güzelburç, Samandağ ve çevresinde yapılan kazılar sonucu çıkartılan ve koleksiyonu tamamlayan mozaiklerdir. Bu mozaiklerin sayısı ve çeşitliliği bakımından dünyanın en büyük müzesi durumundadır.
Hatay Antakya’da yürütülen 1932-1939 yılı kazı çalışmalarında çoğu Roma dönemine tarihlendirilen mimari ve diğer buluntular kentin zenginliğini ve ihtişamını ortaya sermiştir. The Committee for the Excavation and its Vicinity adlı komitenin yaptığı kazı çalışmaları başta Antakya, Harbiye olmak üzere Samandağ’da Seleuceia Pieria da sürdürülmüş ve kazılarda ortaya çıkan zengin mozaik eser koleksiyonu bugün dünyanın yaklaşık 20 müzesine ve özel koleksiyonlarına dağılmış durumdadır. Antiokheia kökenli bir çok eser bugün Hatay Arkeoloji Müzesi’nin yanı sıra Princeton Universitesi Sanat Müzesi (ABD), Worcester Müzesi (ABD), Louvre (Fransa) gibi müzelerde saklanmakta veya sergilenmektedir.
Hatay Antakya Arkeoloji Müzesi , 2014 yılında Güzelburç Beldesinde yeni yaptırılan kültür bölgesi müze alanına taşınmış ve yıllardır depolarda tasnif edilip bekleyen şaheserler sergilenmeye başlamıştır.
